#aula 8
##1.

eutad <- read.table("http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/lib/exe/fetch.php?media=bie5782:01_curso_atual:palmadulto.txt", sep = "", header = T)
summary(eutad)

dist = matrix(NA, ncol=102, nrow=102)

for(i in 1:101)
{
  for(j in (i+1):102)
  {
    difx2=(eutad$gx[i]-eutad$gx[j])^2
    dify2=(eutad$gy[i]-eutad$gy[j])^2
    dist[i,j]<-sqrt(difx2 + dify2)
    dist[j,i]<-sqrt(difx2 + dify2)
  }
}

summary(dist)

nn <- apply(dist, 1, min, na.rm=TRUE)
mnn <- mean(nn)

resultado <- rep(NA, 1000)

resultado[1]  <- mnn

distt = matrix(NA, ncol=102, nrow=102)

for (k in 2:1000)
  {
  xsim <- runif(n = 102, min = 0, max = 320) 
  ysim <- runif(n = 102, min = 0, max = 320)
  

  for(i in 1:101)
  {
    for(j in (i+1):102)
    {
      difx2=(xsim[i]-xsim[j])^2
      dify2=(ysim[i]-ysim[j])^2
      distt[i,j]<-sqrt(difx2 + dify2)
      distt[j,i]<-sqrt(difx2 + dify2)
      
    
    }
  } 
  
     rnnd <- apply(distt, 1, min, na.rm = T)
     resultado[k] <- mean(rnnd)
}

rresultado <- resultado - mean(resultado)
hist((rresultado))

abline (v =rresultado[1], lty=2, col= "red")

nmaior <- sum(abs(rresultado) >= abs(rresultado[1]))

pval <- nmaior/length(rresultado)


##2.

vertebrados <-read.table("http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/lib/exe/fetch.php?media=dados:animais.txt",header=T,sep=";",dec=",", as.is=T)

vertebradoss <- vertebrados[-c(6,16,26),]

relacaobb <- lm(log(vertebradoss$brain)~log(vertebradoss$body))

inclinacao <- coef(relacaobb)[2]

nsim <- 1000
resultado <- rep(NA, nsim)
resultado[1] <- inclinacao

for(i in 2:nsim)
{ 
  sim_brain <- sample(vertebradoss$brain)
  inclina <- lm(log(sim_brain)~log(vertebradoss$body))
  coe <- coef(inclina)[2]
  resultado[i] <- coe
}

hist(resultado, breaks = 2)

abline(v= resultado[1], col="blue", lty=2)

bicaudal <- sum(resultado>=resultado[1] | resultado<=((mean(resultado) - resultado[1]) + mean(resultado)))

p.bi <- bicaudal/length(resultado)
